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一种固定化菊糖酶酶解菊粉生产高果糖浆的方法，包括如下步骤：1.菊芋或菊苣块茎中提取菊粉：将菊芋块茎干粉，按重量比1∶3-5加入水，置沸水浴抽提20-40分钟，离心抽提得菊粉液；2.固定化菊糖酶的制备：取适量的交换树脂加入适量的菊糖酶，经反相渗透浓缩，水浴振荡吸附后，加入0.01mol/L戊二醛溶液，4.5-6℃温度下交联，制得固定化菊糖酶，3.菊粉液经固定化菊糖酶酶解制备高果糖浆：将所制得的固定化菊糖酶在温度57-63℃和pH值4-5下，填入生物反应器；以20％菊粉液为底物，流速为1500-2250ml/h通过生物反应器，菊粉液经固定化菊糖酶酶解产生高果糖浆。通过本发明的菊粉转化为高果糖浆的初转化率达100％，产品精制总得率高达95％。