木瓜蛋白酶具有酶活高、热稳定性好及天然无毒无害，卫生安全等特点，它广泛应用食品、医药、日化、化妆品、饲料、皮革及纺织等行业。
一 应用行业
1.食品工业
①烘焙业
木瓜蛋白酶能改善面筋的特性，降低面团粘度，提高CO2在面团中的停留程度，改进面团机械性能特点，能做饼干发酵剂，面包改良剂、面条的稳定剂等生产，可降低能耗和成本。
②果蔬加工
木瓜蛋白酶能分解果蔬汁中的蛋白质，降低粘度，利于浓缩，改善透明度，可过滤性和稳定性，防止果疏汁冷藏混浊。
③木瓜蛋白酶能将肉中的结缔组织及肌纤维中的结构复杂的胶原蛋白、弹性蛋白进行适当降解，使它们结构中的一些连接链发生断裂，破坏了它们的结构，从而大大提高了肉的嫩化度，由此，可用来做肉类嫩化剂、嫩肉粉及肉类产品加工过程中的添加剂。
④调味品生产上的应用，酱油，酵母抽提物，酵母浸膏等的生产。
⑤植物蛋白类产品生产上的应用，大豆蛋白，大豆多肽，玉米蛋白、花生蛋白等生产 。
⑥保健食品、海类动植物产品生产应用，提高食品的食用价值。
2.医药工业
木瓜蛋白酶可制成木瓜含片、润喉片、肠溶片及检查红细胞表面和血型鉴别剂等
3.纺织工业
羊毛低温染色和防收缩，用木瓜蛋白酶处理过的羊毛，其抗张度比常规方法高，毛线手感柔软、收缩性为0,还用于蚕的脱胶和蚕丝的精炼。
二 酶活力定义
紫外光分光光度法，在测定条件（37±0.20C；PH值7.0），每分钟水解酪蛋白释出的三氯乙酸可溶物在275nm波长有吸光度与1微克酪氨酸的吸光度相当时，所需的酶量即为一个活力单位，用u/g表示。
三 产品性状
白色至淡黄色，无定型粉状，具吸湿性。
四 酶解原理
在一定温度、PH值及底物浓度下，木瓜蛋白酶能够分解蛋白质生成蛋白胨，多肽及氨基酸等物质
五 使用条件：
反应温度20-800C，最佳温度因底物的种类及浓度不同而有所改变，适宜反应温度为50-650C；PH值为3-9,最适宜PH值因底物的种类、浓度不同而有所改变，PH值为6-7；添加量一般为0.2-0.6%（1000-3000u/g蛋白质），根椐不同底物作适当增减，反应时间作相应缩短或延长。
六 产品规格：
20-350万u/g